無線投影によって、投影元のノートパソコンの操作方法が変わる仕様はありません。
以下を確認してください。

・プロジェクターとの接続を確認し、USB接続を外してHDMIのみで投影を試す
・投影時にディスプレイが追加されることによるPC側の影響がないか確認する
・使用している入力機器がタブレットやタッチペンではないか確認する

USBでもプロジェクターと接続している場合、PCがプロジェクターを別の機器として認識し、影響することがあります。