ネイティブVLANを、VLAN 1・VLAN 2とは異なるVLAN IDに設定してください。

例えば、以下の設定にします。
・無線LAN 1 VLAN ID：1
・無線LAN 2 VLAN ID：2
・ネイティブVLAN：5
・管理用VLAN：1

この場合、APのLANポートは以下の動作になります。
・VLAN 1：タグ付き
・VLAN 2：タグ付き
・VLAN 5：タグなし

接続先のL2スイッチ側も、このタグ付き・タグなしの構成に合わせて設定してください。