DS-600でUSB接続パスワード機能を有効にされていれば、USBポートに接続されているUSBデバイス機器に対してパスワードの入力が必要となりますので、自動プリンタ接続機能をご使用時にも、印刷をする度にパスワード入力が必要となります。   
ただ、SX Virtual Link側の設定で回避することができます。  
SX Virtual Linkでは、DS-600に接続されているUSBデバイスの個別の動作設定ができるようになっています。  
SX Virtual Link上に表示されたプリンタを選択して右クリックでプロパティを表示すると、「セキュリティ」タブがあります。  
そこで、「USB接続パスワードを指定する」にチェックを入れてパスワードを入力していただくと、SX Virtual Linkで接続時のパスワード入力を自動化することができます。