以下の手順をお試しください。
・.NET Frameworkをバージョン4.5.1以上に再インストールする
・silex Media Transporterを一度アンインストールし再インストールする
・Microsoft Visual C++ 2013 Redistributable (x86)をアンインストール後、PC再起動し、silex Media Transporterをインストールする（インストール時にVisual C++ Runtimeが自動で入ります）
・他のPCで同じデータを変換し、同様の症状が発生するか確認する